Bactériofiches
Techniques en bactériologie clinique

Sommaire et contenu du livre "Bactériofiches - Techniques en bactériologie clinique"

Chapitre 1 Classification, nomenclature et identification des bactéries médicales _ _..__.__._._ 11 1. Bases de la taxonomie bactérienne .. 11 A) Définitions . 11 B) Les unités taxonomiques 12 C) Nomenclature bactérienne .. _ 12 D) Méthodologie en taxonomie .. 12 a) Marqueurs phénotypiques .. 12 b) Marqueurs génotypiques 16 2. Applications des méthodes taxonomiques _ 18 A) Définition des groupes taxonomiques _ 18 B) Identification des bactéries en bactériologie clinique _ 20 Chapitre 2 Isolement des bactéries anaérobies en bactériologie médicale ..__.._ .._ 24 1. les anaérobies en pathologie infectieuse _ _ _ _ 25 2. Prélèvements _ _ 26 3. Examen direct .. 26 4. Méthodes d'isolement 27 5. Incubation 27 6. Subcu1tures _ 27 7. Identification _ 28 8. Caractères biochimiques __ _ __ _ _ 28 9. Étude de la sensibilité aux antibiotiques _ 29 Chapitre 3 L'antibiogramme __ _ .._.._ .._ ._. .._. .__ .. 30 1. Introduction 30 2. Critères de choix d'un antibiotique: choix probabiliste puis guidé par l'antibiogramme 30 3. Paramètres de l'activité in vitro des antibiotiques _ _ _ 31 A) Paramètres de bactériostase _..... . 32 B) Paramètres de bactéricidie .. _......................................... . 32 4. Techniques utilisées en pratique courante................................................. 33 A) L'antibiogramme par diffusion en milieu gélosé .. 33 B) Techniques automatisées .. 34 Cl Recherche d'enzyme inactivant lesantibiotiques.. 35 D) E·test . 36 E) Contrôle de qualité. 36 5. Phénotypes de résistance aux antibiotiques . . 36 A) Principes de détermination .. .. 36 a) Corrélations clinico-biologiques .. .. 37 b) La lecture interprétative de l'antibiogramme . .. 37 B) Phénotypes de résistance des principales espèces. . 38 a) Les entérobadéries . ...... 38 b) StaphyJococcus aureus . 44 c) HaemophiJus inf/uenzae .. ... 48 d) Streptococcus pneumoniae ..... . 48 e) Pseudomonas aeruginosa ..................... 50 Chapitre 4 Sérodiagnostics bactériens __ _ __ __ __.__ _._.__ __ _ .. . __._ 53 1. Réponse immunitaire anti-bactérienne .. . 53 2. Méthodes des sérodiagnostics................ . 54 A) Réactions immunologiques in vitro utilisées dans les sérodiagnostics bactériens usuels 54 a) Les réadions « classiques. . _ 54 b) Les tests « récents» utilisant des anti-immunoglobines humaines marquées _ _ 54 B) Choix de l'antigène _........................................................ . _ 56 C ) Expression des résultats -performances des méthodes . _ _ _ 56 a) Méthodes semi-quantitatives _ _ _._ 56 b) Méthodes quantitatives (ELlSAs) _ _ _ _ _ 56 D) Interprétation des réactions sérologiques . _ 57 E) Indications du sérodiagnostic bactérien.................................. . _.... . _ _ 58 F) Les limites du sérodiagnostic . .. _ _ _ _ 59 3. Principaux diagnostics indirects en bactériologie clinique . 59 Fiches techniques . 60 Chapitre 5 Examens cytologiques et bactériologiques au cours des infections urinaires __. 65 1. Rappel physiopathologique . _ _ 65 2. Apport des examens bactériologiques . . _ _ 66 A) Examen cytobactériologique standard des urines (ECBU) _ _ _ 66 a) Prélèvement, conservation et transport de l'échantillon d'urine _ _ 66 b) Examen microscopique des urines _ _ _ _._ _ _ _._.._.66 cl Uroculture _ _ _ _ _ __ _ _ _.......•__ _ _ 67 d) Identification et antibiogramme des badéries isolées _ _ __ _ _ _ _ _ _ 68 e) Résultat et interprétation d'un ECBU _ __.__ _ __._ _ 68 B) Examens biologiques complémentaires _ _ _ 69 a) Recherche des anticorps fixés sur les badéries urinaires (AFBU) _._ _ _ _ 69 b) Examen badériologique des urines fradionnées _ _ _ _ _ _ _.._ 69 C) Surveillance biologique de l'évolution d'une infection urinaire _ _ _ 69 Fiches techniques Prélèvement d'urine en vue d'un ECBU . .. 70 Examen cytobactériologique des urines. .. . . 72 Recherche des anticorps fixés sur les bactéries urinaires (AFBU) .. .. 74 Chapitre 6 Examens bactériologiques au cours des septicémies _. _____._ __ ._.._.. '__' _..'_''_ 75 1. Physiopathologie.. 75 a) Septicémie thrombophlébitique _ _..... .... 75 b) Septicémie à point de départ lymphatique. . . 75 cl Septicémie endocarditique .. 75 d) Autres scénarios physiopathologiques .. . _ 76 2. Diagnostic bactériologique des septicémies . 76 3. L'hémoculture . . 77 Al Considérations générales 77 Bl Prélèvement. . . . 77 Cl Examen au laboratoire des hémocultures .. 78 Dl Détection automatisée des hémocultures positives.. 78 El Interprétation des résultats . .. 79 4. Examens à pratiquer dans les infections septicémiques de l'immuno-déprimé .80 Al Splénectomisé fébrile 81 Bl Neutropénique fébrile . 81 Cl Séropositif VIH fébrile .81 5. Examens à pratiquer dans les infections septicémiques du nouveau-né .. 82 Al Infection in utero ou lors de l'accouchement . 82 a) Examens pratiqués avant la naissance .. .. 62 b) Examens pratiqués immédiatement après la naissance . 62 Bl Infection post-natale . 83 Fiches techniques Hémoculture .. 84 Détermination du pouvoir bactéricide du sérum (ou du LCR) . . 86 Chapitre 1 Examens cytobactériologiques au cours des méningites __.__._.._ _ .._ _ 88 1. Rappels anatomiques et physiopathologiques _ 88 Al Le liquide céphalo-rachidien 88 Bl Les méningites infectieuses . 90 a) Les méningites purulentes .. 91 b) Les méningites :t liquide clair _................ • 91 c) Aspects cliniques _............. . 92 2. Apport du laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le traitement des méningites _............... . . ..92 Al Prélèvement .. . . 92 Bl Examens biologiques du LCR . . 93 a) Cultures bactériologiques . . 93 b) Examens microscopiques . . 93 c) Antibiogramme . .. 94 d) Examens chimiques .. .. 94 e) Mise en évidence d'antigènes solubles bactériens .. .. 94 f) Isolement de virus . . . 94 Cl Surveillance biologique de l'évolution d'une méningite. . 95 Fiches techniques Ponction lombaire . . ........ 96 Examen cytobactériologique du liquide céphalo-rachidien ............... 97 Chapitre 8 Examens bactériologiques au cours des infections pulmonaires .. 100 1. Physiopathologie -clinique..... 100 Al Physiopathologie. .. . 100 Bl Germes en cause . .. 101 Cl Signes cliniques et radiologiques 101 2. Apport des examens bactériologiques. . 102 A) Diagnostic étiologique. . . . . 102 a) Prélèvements contaminés . . . 102 b) Hémocultures . ' .. 103 c) Prélèvements in situ .. .. .. 103 d) Recherche de pathogènes spécifiques . .................................................. .. 104 B) Règles d'interprétation des résultats .. ....... 106 C) Antibiogrammes .. .. 107 Fiches techniques Examen cytobactériologique des prélèvements pulmonaires contaminés 108 Examen bactériologique d'un prélèvement pulmonaire in situ........... 110 Chapitre 9 Examens bactériologiques au cours des mycobactérioses _ __ _.. _._ 112 1. Physiopathologie -clinique 112 A) La tuberculose ,., 112 a) Primo-infection tuberculeuse .. 113 b) Tuberculose maladie _....................................................... .. 113 B) Les mycobactérioses non tuberculeuses , _ 113 C)Lalèpre .., , , 11 3 2. Diagnostic et suivi microbiologiques des tuberculoses , 113 A) Diagnostic , , 114 al Prélèvement 114 bl Examen microscopique direct 114 el Culture 114 dl Identification 115 el Méthodes moléculaires .. _ 115 f) Diagnostic indirect .. 115 B) Antibiogramme 116 C) Surveillance de l'évolution et du traitement 117 Fiches techniques Recherche de mycobactéries par examen direct et culture (méthode traditionnelle) 118 Identification de mycobactéries , _ 121 Antibiogramme des mycobactéries (méthodes des proportions) 124 Chapitre 70 Examens cytobactériologiques au cours des infections de la sphère ORL .______ 126 1. Physiopathologie -clinique , 126 2. Rhinopharyngites, pharyngo-amygdalites et laryngites 126 A) Données cliniques et étiologiques . .. 126 al les rhinopharyngites . 126 bl Les pharyngo-amygdalites . 127 elles laryngites . .. 128 B) Rôle du laboratoire dans le diagnostic des infections rhinopharyngées 128 al Diagnostic des pharyngo·amygdalites à streptocoque A 128 bl Diagnostic d'une angine diphtérique .. 130 cl Diagnostic d'une mononucléose infectieuse. . 130 dl Diagnostic d'infections pharyngées diverses 131 3. Sinusites ... 131 4. Otites . .. 132 A) Données cliniques. . 132 B) Apport du laboratoire au diagnostic étiologique et au traitement 132 Fiches techniques Examen cytobactériologique d'un prélèvement pharyngé ... .'H'H' 133 Chapitre 77 Examens bactériologiques au cours des infections digestives _ '..' '.''.H_.''.' '.'' '. 136 Infections intestinales ..'.'' __._. ..__.._..__''' _'__..__..'__''''..__..........__....__..__-0__.. .'-0._.........'......._ ..__..''......_ ....'.'...'.....',,....... 136 1. Physiopathologie 136 ..H.'.H.''''H H,,HH.'.H..H ••••••• H.''H'''. A) Eau et intestin 136 '''''H''''H'''H''''__''H'''H''''''''''''''H' '''H'.''.''.H.........'H HHHHH'HH''H''. ••••H ... B) les bactéries intestinales ''''H' HHH ••'.137 ''H'''''H''H''H''''''H''''''H''''H''''' ••HH.H H.HH'H.'''HH'''... C) Virulence des entéropathogènes ..H'' 137 H HH HHHHH'..''''' H''HHH '''H'.H'''HHHHHHHHH''HHH'' HHH'' a) Sécrétion de toxines ''''H''H''H''H''''H''''H''H''''''H''''HHH'''''H''''''''''''''''''''''''''''''''''''HH'H'H 'HHHH'HHHHHHH'''HHH''''''H 'H' 137 b) Pouvoir entéro'invasif ''H'''''.'.' •...H'''HH'H'.'HH.'.''H ..'' •..•.••''.''HHH..... '.'''H''''HH'''''''''''H'.''''''H''''H''' ' ' ..'. 138 2. Orientation diagnostique 138 HH••' ''.'.H_..H'.. HH 'H '.' ' ..''..H.'••••••••' H.H HH H'' ' ••••'H H.. • A) Signes cliniques d'orientation 138 HH..HH...H.'HH......H'''H..''''HH....... H••H HH'''HH B) Signes biologiques d'orientation ''''''''H''',..''''H''''''''''''''''''''HH''H''''''''''''''''H'''''H''H'H.'..'H'''''.''''' ' ..' ' ,, ''''''H'H' 138 C) Choix des micro-organismes à rechercher 139 ''''H'''''H''' H''HH'''HHHH''H''''''''''HHH''HH''''''''HH''HHHH''HH'''H''' HHH'HH' 3. Recherche des principales bactéries entéropathogènes ''''''''''''''''H,,'.....H'''''''''H'' .H.'HHH'H...... 140 _ •• A) Salmonella enterica HH••••••••H.HHH.H 140 HHHH..H..HH.'H HH... H'HHH''HH'''H'''H''H''' HH'H'HHHHHHH.''H' 'HH'HHHHH''''''H' H''HHH''''' B) Shigella •••••••''.......................H.'.H .. 140 H HH''''.H' 'H'H H''.H Cl Campylobacter ' ' '..' ' H ' ••••••••••' ••••' ••' HH•••••••••••H..................................... H.H ••••••H 141 D) Yersinia 141 H''H''H'''H''''' '' '''''H'''.'''''..'HH'••••'' ' ...''...'''''''',,. ''H'''''H''HH''' E) Vibrio cholerae ' '' ''.'''''''.H''...'''......'H.'••• ''H''''''''..... '''.'.''''''''''HH''''''''''''''''H'' ' ... 142 F) E. coli'..' 142 H.HH.. ••••H'HH•••HH••HHH..'HH HH.'••H.H.'. .......H•••' ....H..HH.. ' H ••••••• a) E. coli entéropathogènes (EPEC) _.' ' ''..,, H ' H..H _HHHHH..HHHHHH ' ' H.''H'HH.. 142 H H H H.'' b) E. coli entérotoxinogène(ETEC) H' ''' '.'..' ' ' '..'..'''H..HH H ' HHH H '..' ,,'. 143 H'' H 'H 'HHH..' cl E. coli entéro-invasif (EIEC) ''''''''''''''''''_''_'''''''''''''H'''H''H''HH'.'.'''''''''''''''H''H''''HHHH..''..H..'''.''H..'H.HH.H ' '''''''' ' ' ,, 143 d) E. coli entéro-hémorragique (EHEC) ..'H......' ..'HH.'.'HHH''..''.....' 143 ''''''''''_'''''''.'H ''''''H''.'''H''''''''''''''''''''''''''''''H e) E. coli entéro'aggrégatif (EAggEO '_'''''''''H'''''''' 'H'''''''''''' H'''''''..... ''•• 143 ''.'...''..,,'' 'H.''''''''''H''''',,...H'H'''''''''''''''''''' ''''''H C) Clostridium difficile 'H' 143 H''HHH.H'HHH'H'''' •••H.H ..H..... ..H''. ••••••••••••••••''•••'. ... Fiches techniques Prélèvement et'orientation diagnostique au cours des diarrhées et entérites 145 '''''''''''''''H'_'''H''''''' Recherche de Campylobacter dans les selles ''''_''''''H''''H'''H''''''''''H'''''''H'''''''''''''''''''''HH''''''''''''H''''''H'H ''H'''''''H 146 Recherche de Salmonella et Shigella dans les selles '..... ' '' ' 148 H ' ''H Recherche de Yersinia dans les selles H H..........H .. H 152 _'''''.''H' ..''..''..' ..' H 'H•••••••HH Infection gastrique à Helicobacter . '__'_.._._'_''' __' 153 1. Rôle de H. pylori dans les maladies gastriques 153 'H''H ' H''''''''''''HH' '.''''''''''''' 2. Diagnostic bactériologique H''H''''''''''''''''''''''''''''H''H''''''''''''''''''''''' '.''H '''.'' '.' '.. 153 A) Méthodes invasives HH'HH'HH'H .''.' ' ..' 'H''•••_.''. ' 'H''''''''''''H ' 153 HHH'HHHHH.H'''''''''''''HH''H'''''HHH'''H ''.H'H B) Méthodes non invasives H'''''''''.''''H''''H'''H''''''H''H'''''''''''''''''H''' • ''''.''.'•.• '.' .'''''''.H''''''''HH' ' 154 C) Suivi biologique de l'infection par H. pylori ...'''H ••••H. •••' •••••••''•••' 154 •••''H ...'.'HH'' •.... Fiches techniques Recherche bactériologique de Helicobacter pylori dans une biopsie gastrique H'H'H'''''H 156 Chapitre 12 Examens cytobactériologiques au cours des infections génitales __ __.. 158 Diagnostic microbiologique des infections génitales féminines basses .._ _ _.__ 158 1. Physiopathologie -étiologies......... 158 2. Situation clinique -méthodes de diagnostic... 159 160 160 161 162 162 163 ... 165 165 A) Lésions des muqueuses.............................. . a) Clinique . b) Diagnostic bactériologique d'une lésion des muqueuses génitales . B) Vaginites et cervicites . . al Clinique .. .. .. . b) Diagnostic microbiologique des vaginites et cervicites cl Résultats . dl Interprétations . 166 Diagnostic des infections génitales hautes chez la femme _ ._. ._ __. .__. 1. Physiopathologie -étiologies . _..... 166 2. Situations cliniques -Méthodes de diagnostic microbiologique........................ 166 Diagnostic microbiologique des infections génitales masculines .... .. 167 1. Physiopathologie -clinique 167 2. Diagnostic bactériologique d'une urétrite masculine 168 168 168 168 A) Signes d'orientation diagnostique . B) Prélèvement ............•.............. .....••....................................._ C) Recherche de pathogènes spécifiques 3. Diagnostic bactériologique d'une infection génitale haute chez l'homme 168 A) Signes cliniques d'orientation . _ _........................................._.._ 168 B) Recherches bactériologiques .. . 168 4. Diagnostic bactériologique d'une lésion cutanéo-muqueuse chez l'homme . 168 Fiches techniques Diagnostic d'une lésion génitale cutanéo-muqueuse (chez l'homme ou la femme) 169 Examen cytobactériologique d'un prélèvement vaginal et cervical _ 171 Examen cytobactériologique d'un prélèvement urétral chez l'homme 174 Ouvrages à consulter ...... 175