L'armillaire et le pourridié-agaric des végétaux ligneux

Sommaire et contenu du livre "L'armillaire et le pourridié-agaric des végétaux ligneux"

Table des matières I. GÉNÉRALITÉS 1. Place de l'armiIlaire parmi les agents de pourridiés 23 2. Historique des recherches sur l'armillaire 33 II. VARIABILITÉ 3. Taxonomie et phylogénie des armillaires 43 L'hémisphère Nord tempéré 43 Europe 43 Amérique du Nord 44 Extrême-Orient 45 Synthèse sur la distribution des espèces dans l'hémisphère Nord tempéré 46 Phylogénie des armillaires de l'hémisphère Nord tempéré 47 Données non moléculaires 47 Données moléculaires 48 Essai de synthèse 50 L'hémisphère Sud 52 Australasie 52 Indonésie 54 Amérique du Sud 54 L'Afrique tropicale 56 Annillaria heimii 57 Annillaria mellea 58 SIG III 58 Le sous-continent indien 59 Sri-Lanka 59 Nord de l'Inde 59 Phylogénie des armillaires au plan mondial................................................ 60 4. Description et distribution des armillaires européennes 63 Annillaria mellea (Vahl: Fries) P. Kummer 65 Nomenclature 65 Description des carpophores 66 Habitat 67 Morphologie en culture 67 Répartition géographique et altitudinale 67 A/millaria ostoyae (Romagnesi) Herink 68 Nomenclature 68 Description des carpophores 69 Habitat 70 Morphologie en culture 70 Répartition géographique et altitudinale 70 A/mil/aria borealis Marxmüiler & Korhonen 71 Nomenclature 71 Description des carpophores 71 Habitat 72 Morphologie en culture 72 Répartition géographique et altitudinale 72 Almillaria gallica Marxmüller & Romagnesi 73 Nomenclature 73 Description des carpophores 74 Habitat 75 Morphologie en culture 75 Répartition géographique et altitudinale 75 Almillaria cepistipes Velenovsky 76 Nomenclature 76 Description des carpophores 77 Habitat 78 Morphologie en culture 78 Répartition géographique et altitudinale 78 Almillaria tabescens (Scopoli) Emel............................................................... 79 Nomenclature 79 Description des carpophores 79 Habitat 80 Morphologie en culture 80 Répartition géographique et altitudinale 81 Almillaria ectypa (Fries) Lamoure 81 Nomenclature 81 Description des carpophores 81 Habitat, répartition et écotypes 82 Morphologie en culture 82 Comestibilité et toxicité 83 Conclusion 83 S. Systèmes sexuels et cycles caryologiques 85 Les systèmes sexuels 86 La tétrapolarité 86 Généralités 86 Rôle des deux loci d'incompatibilité 86 Allélomorphie multiple 87 La bipolarité 88 L'homothallisme 88 La diploïdie 90 Les preuves de la diploïdie 90 Relations entre le niveau de ploïdie et la morphologie 91 Stabilité de l'état diploïde 91 Les cycles caryologiques 92 Évolution nucléaire dans la baside 92 Les événements précédant la méiose 92 La méiose 93 Les événements postérieurs à la méiose 94 La diploïdisation du mycélium dans les confrontations compatibles 94 Les phénomènes nucléaires dans la partie stérile du carpophore 95 Conclusion 96 Le phénomène de Buller 98 Généralités 98 Le phénomène de Buller entre isolats à système sexuel différent 99 Les bases nucléaires du phénomène de Buller chez les armillaires 99 Conclusion 100 6. Identification spécifique des armillaires 103 Les critères morphologiques 104 Morphologie des carpophores................................................................. 104 Morphologie des thalles en culture pure................................................ 105 Morphologie des rhizomorphes souterrains 105 Les critères de l'interstérilité sexuelle et de l'incompatibilité somatique.. 105 Les critères immunoJogiques 107 Les marqueurs biochimiques 108 Composés aromatiques 108 Protéines totales 108 Marqueurs isoenzymatiques.................................................................... 109 Les marqueurs génomiques............................................................................ 110 RFLP 110 ADN mitochondrial 110 ADN ribosomal 111 RAPD........................................................................................................ 111 PCR dirigée suivie de RFLP 111 Séquençage de l'IGS-1 et de l'ITS 112 Recherche d'amorces spécifiques des différentes espèces d'Armillaria 113 Conclusion 113 7. Variabilité intraspécifique et distinction des génotypes 115 Arguments pour l'étude de la variabilité intraspécifique 115 Méthodes de détermination des individus à l'intérieur d'une population.. 116 Définitions 116 Utilisation des allèles d'incompatibilité sexuelle comme marqueurs des individus 117 Utilisation de l'incompatibilité somatique 117 Utilisation du polymorphisme protéique................................................ 119 Utilisation des marqueurs moléculaires 119 ADN nucléaire 120 ADN mitochondrial 122 Conclusion 122 III. BIOLOGIE 8. Nutrition et métabolisme 127 Composés liés à la chaîne de synthèse du tryptophane Inhibition et stimulation de l'armillaire par les composés Influence des facteurs physiques sur la croissance 128 Température 128 pH 128 Lumière 129 Composition gazeuse................................................................................ 129 Influence des facteurs nutritionnels 130 Carbone 130 Azote 132 Vitamines................................................................................................... 133 et hormones végétales 134 Phénols et polyphénoloxydases 134 phénoliques 134 Différences de réaction entre isolats 135 Les poJyphénoloxydases 136 Catégories d'enzymes impliquées 136 Purification et caractérisation des laccases de l'armillaire 136 Autres enzymes 138 Peroxydases 138 Hydrolases 138 Deux enzymes purifiées d'intérêt commercial...................................... 139 Protéase 139 Nucléase 140 Les toxines 141 Bioluminescence 142 Les étapes biochimiques impliquées 143 Caractéristiques de la lumière émise par les armillaires....................... 146 Conditions d'expression de la bioluminescence 146 Température 146 pH 147 Effet de la lumière lors de la croissance du thalle 147 Effet de la lumière ultra-violette 147 Incidence des facteurs nutritionnels 147 Facteurs de croissance 147 Effet du COz 147 Variabilité des espèces et des isolats 148 Périodicité de la bioluminescence 148 Utilisation de la bioluminescence 148 Conclusion 148 9. Ontogénie des armillaires 151 Le mycélium indifférencié 151 Le carpophore 152 Morphologie et ontogénie des carpophores 152 Production des carpophores en culture.................................................. 153 Différences entre espèces 153 Conditions d'environnement 153 Milieu de culture 154 Les rhizomorphes 154 La notion de rhizomorphe 154 Les organes agrégés des armillaires in natura 155 Obtention expérimentale de rhizomorphes de type subterranea 158 Architecture des systèmes rhizomorphiques naturels 159 Structure histologique du rhizomorphe souterrain 161 Cytologie des articles de l'apex et mucilages externes 165 Régénération des rhizomorphes naturels et croissance apicale autonome 165 Le transport de l'oxygène 166 L'apex, zone de prélèvement dans le milieu 167 Transport de l'eau et des métabolites 167 Les rhizomorphes d'armillaire en culture pure 168 Morphologie des rhizomorphes 168 L'initiation des rhizomorphes en culture pure 169 Les zone-lines (pseudosclérotes) 172 Conclusion 174 10. Cycle infectieux de l'armillaire -Stratégie biologique des espèces européennes................................................................................. 177 Rôle des basidiospores 178 L'infection racinaire 180 Pénétration par le rhizomorphe 180 Pénétration par contact racinaire 182 Importance relative de l'infection par rhizomorphes et par contacts racinaires 184 Perthophytisme 185 Généralisation dans la plante 185 Lésions latentes 187 Conservation du mycélium dans le bois 188 Initiation et croissance des rhizomorphes souterrains 189 Initiation des rhizomorphes à partir du bois mort 189 Vitesse de croissance des rhizomorphes................................................. 190 Écologie des rhizomorphes dans le sol.................................................. 190 Stratégie biologique des espèces européennes 192 Pouvoir pathogène des différentes espèces 192 Stratégie biologique d'Armillaria gallica 194 Stratégie biologique d'Armillaria mellea 195 Stratégie biologique d'Armillaria os/oyae 198 Stratégie biologique des autres espèces européennes 199 Conclusion 200 11. Epidémiologie 203 Modélisation du pourridié-agaric: Épidémiologie qualitative: Définitions et historique 203 Inoculums impliqués dans une épidémie à armillaire 204 Épidémiologie quantitative 204 ~volution temporelle d'une épidémie 205 Evolution spatiale d'une épidémie 207 Prévision des risques en fonction des facteurs du milieu 210 l'exemple du Western Roo/ Disease Mode!............................................... 211 dynamique des populations et épidémiologie 213 Caractéristiques (dimensions, âge) des clones 214 Apparition de nouveaux clones 216 Cohabitation des différents clones et des différentes espèces 217 Relations génétiques entre clones 218 Conclusion 219 12. Prédisposition des arbres et sensibilité à l'armillaire 221 Influence des caractéristiques physiques et chimiques du sol.................... 223 Influence de l'éclairement 226 Influence de la température 227 Influence d'un stress hydrique 228 Effets de la pollution 230 Effets de la défoliation des arbres 231 Interactions avec divers insectes et maladies 233 Influence des blessures sur le système racinaire 234 Importance du potentiel d'inoculum de l'armillaire 235 Conclusion 236 13. Symbiose entre l'armillaire et des orchidées ­L'armillaire dans la médecine orientale 239 Symbiose entre Armillaria spp. et les orchidées des genres Gas/radia et Galeola 240 Gastrodia ela/a 240 Galeola sep/en/rionalis 243 Nature de l'association 243 Production des tubercules de Gas/radia dans les pays asiatiques 244 Utilisation des tubercules de Gastrodia en médecine traditionnelle 246 Association entre Gastrodia cunninghamii et des armillaires néo-zélandaises 247 Association entre Monotropa uniflora et armillaire 248 Conclusion 248 14. Relations entre les armillaires et leurs hôtes ligneux 251 Réactions de l'hôte dans la relation parasitaire primaire La résistance mécanique liée à des exsudations liquides, Les équilibres biochimiques dans la racine et les bases physiologiques Physiologie des racines des arbres stressés et développement L'agressivité de l'armillaire dans les racines interprétée Les éléments du pouvoir pathogène 252 Les enzymes 252 Les toxines 254 Les éléments de la résistance 254 Réactions de l'hôte dans la relation « symbiotique» 255 Le parasitisme du champignon par les cellules de l'orchidée 255 La résistance induite des tubercules secondaires 256 ou d'équilibre 256 La résistance de nature histologique 257 La résistance de nature anatomique 261 puis solidifiées 261 La résistance biochimique 263 de la prédisposition 266 Les effets des stress sur la physiologie racinaire 266 de l'armillaire 267 en terme d'équilibres énergétiques 268 Conclusion 269 IV. LA MALADIE 15. L'armillaire, agent pathogène mondial: répartition et dégâts 273 Europe 274 AJnérique du Nord 275 Canada 276 Colombie britannique 276 Provinces des Prairies 277 Est canadien 277 États-Unis 281 Ouest des États-Unis 281 Alaska 282 Centre des États-Unis 282 Est des États-Unis 283 Plantations fruitières de Californie.................................................. 283 Sud-Est des États-Unis 283 Mexique 284 Amérique centrale et Amérique du Sud 284 Afrique.............................................................................................................. 284 Asie 285 Japon 286 Chine et Corée 286 Sous-continent indien 286 Indonésie 287 Divers......................................................................................................... 287 Australie 287 Nouvelle-Zélande 288 16. L'armillaire dans les forêts peu artificialisées d'Europe 291 Rôle d'Armillaria mellea et d'Armillaria gallica Rôle d'Armillaria ostoyae dans le dépérissement du sapin pectiné Caractéristiques générales des dépérissements forestiers 294 Rôle des armillaires dans les dépérissements d'essences feuillues 295 Généralités sur les dépérissements de chênes en Europe 295 dans Je dépérissement du chêne pédonculé en forêt de Tronçais 296 Rôle des armillaires dans le dépérissement de l'alisier torminal 297 Rôle des armillaires dans les dépérissements du merisier en Picardie 297 Les dépérissements de l'aulne glutineux en France 298 Intervention de l'armillaire dans les dépérissements de résineux 298 Armillaria ostoyae, parasite du pin à crochets en Cerdagne (Pyrénées) 298 dans les Vosges et en Auvergne 300 Dépérissement du pin sylvestre en Pinatelle d'Nlanche (Cantal) 301 L'armillaire en forêts de pin maritime en Corse 302 L'armillaire dans les forêts résineuses des Balkans 302 Mortalités de résineux associées à J'armillaire en Italie 303 Développement de l'armillaire dans des bois conservés sous voie humide 303 Conclusion 304 17. L'armillaire en plantations forestières en Europe 307 L'armillaire en plantations feuillues 308 En Grande-Bretagne 308 En France 308 Dépérissement des plantations de feuillus précieux 308 Armillaria tabescens, parasite des plantations de chêne pédonculé dans la vallée de l'Adour 308 Armillaria tabescens, parasite des plantations d'eucalyptus 309 Les armillaires sur le chêne-liège 309 L'armillaire en plantations résineuses 310 L'armillaire (A. ostoyae) sur le pin maritime en France 310 Dans les Landes de Gascogne 310 En Bretagne........................................................................................ 312 Les dépérissements de sapin de Vancouver en France 313 Autres dégâts sur résineux en France 314 L'armillaire en plantations de pin sylvestre et d'épicéa commun en Europe nordique et continentale 315 Autres dégâts causés par l'armillaire en plantations résineuses en Europe 316 Conclusion 317 18. L'armillaire en vergers et vignobles 319 Situation en France 319 En Europe 323 Hors Europe 324 Origine du pourridié-agaric en verger et en vignoble 326 Évolution de la maladie 328 Influence des conditions du milieu et de la culture 330 Espèces fruitières 330 Age des arbres 331 Conditions de sol 331 Autres facteurs 332 Fertilisation et taille 332 Désherbage 332 Maladies de l'appareil aérien et insectes défoliateurs 332 Conclusion 332 19. L'armillaire en Mrique tropicale 335 Afrique de l'Ouest 335 Le cacaoyer 336 Le caféier 336 Afrique de l'Est et du Sud 337 Les plantations forestières 337 Le théier 339 Espèces diverses 341 Afrique centrale 341 L'hévéa 341 Le manioc 343 Madagascar et La Réunion 345 La taxonomie des armillaires en Afrique tropicale 345 V.MÉTHODESDELUTTE 20. Lutte contre l'annillaire en forêts: méthodes sylvicoles et culturales 349 Choix du site pour établir un peuplement forestier 350 Méthodes de régénération 351 Choix des essences 352 Annélation des arbres 353 Dévitalisation des souches 353 Incinération, dessouchage et élimination des racines du sol...................... 354 Jachères et rotations 357 Travail du sol et entretien des jeunes plantations 357 Gestion des peuplements et éclaircies 358 Isolement des foyers d'infection 360 Modifications chimiques du sol..................................................................... 361 Utilisation de produits chimiques en forêt 361 Les méthodes de lutte culturales et physiques en arboriculture fruitière et en viticulture 362 Conclusion 363 21. Lutte chimique 365 Application de fongicides sur plantes vivantes 366 Désinfection du sol 369 Le sulfure de carbone 369 Le bromure de méthyle 370 Le STTC 372 Les dithiocarbamates 372 Fumigation des souches 374 Conclusion 375 22. Sensibilité des hôtes ligneux à l'armillaire et sélection pour la tolérance 377 Différences de sensibilité entre essences forestières Les porte-greffe du prunier, du pêcher, Différences de sensibilité parmi les plantes ornementales 378 et possibilité de sélection intraspécifique 378 Arbres fruitiers et vigne: les porte-greffe tolérants 380 de l'abricotier et de l'amandier 381 Les porte-greffe du cerisier 384 Les porte-greffe du noyer 385 Les porte-greffe du poirier 386 Les porte-greffe des agrumes 386 Les porte-greffe de la vigne 386 Conclusion 387 23. L'environnement microbiologique de l'armillaire et la lutte biologique.. 389 Les Basidiomycètes décomposeurs du bois mort 390 Compétitions avec l'armillaire en milieu naturel.................................. 390 Estimation du pouvoir antagoniste en laboratoire 392 Essais de lutte biologique en milieu naturel.......................................... 394 Les microorganismes de la rhizosphère 396 Compétitions avec l'armillaire en milieu naturel.................................. 396 Les Trichoderma 397 Mycoparasitisme 398 Antibiose 399 Sélection d'isolats de Trichoderma 399 L'antagonisme entre Armillaria spp. et Trichoderma spp. dans des milieux semi-naturels (bois mort et sol) 400 Expérimentations au champ 401 Effet des stress sur l'antagonisme et désinfection du sol.............. 402 Antagonistes divers 404 Conclusion 406 VI. CONCLUSIONS 24. Les armillaires: acquis, problèmes et prospectives 409 Quelques avancées de la recherche sur le genre Armillaria de 1995 à 2004 409 Les probJèmes non (ou insuffisamment) résolus 411 La parasexualité 411 La phylogénie des armillaires au plan mondial.................................... 411 La morphogenèse 412 La formation des nouveaux individus diploïdes 412 Les relations hôte -parasite 412 L'évolution prévisible de l'impact de l'armillaire 413 Les conséquences de ('évolution des techniques................................... 413 Les conséquences de J'évolution climatique 413 Situation actuelle des méthodes de lutte contre le pourridié-agaric 414 L'évolution prévisible des méthodes de lutte 416 Références bibliographiques 419 Liste des espèces·hôtes de l'armillaire citées 475 Microorganismes, champignons et parasites divers cités 481 Liste des auteurs 485 Crédit photographique 487